Serbest bölge faaliyetleri, “şube” veya “serbest bölge adresli” olarak kurulacak firmalar tarafından yürütülebilmektedir.
Serbest bölgede şirket veya şube kurarak faaliyet göstermek isteyen yerli veya yabancı Tüzel kişiler tarafından 1998/4 sayılı genelgeye uygun olarak hazırlanan ana sözleşme taslağı, Faaliyet Ruhsat Müracaat formu ve forma eklenmesi gereken evraklarla birlikte Ticaret Bakanlığına gönderilir. Ticaret Bakanlığı tarafından başvuruya ilişkin uygunluk yazısı gelmesine müteakip şirket kuruluşuna ilişkin diğer belgelerle birlikte şirket kuruluşu için Ticaret Siciline başvurulur. Kurulmak istenen şirket Türk Ticaret Kanunu hükümlerine uygun olarak kurulup Serbest Bölgede faaliyete başlayabilir.
Merkez adresi Türkiye’de bulunan ve halen Türkiye’deki ticari faaliyetine devam eden yatırımcılar; Türk Ticaret Kanunu hükümleri yanında, Serbest Bölgedeki faaliyetleri için ayrı muhasebe kaydı tutulmasının ve sermaye ihracının zorunlu olması nedeniyle, Serbest Bölgedeki faaliyetlerini oluşturacakları “Serbest Bölge Şubesi” aracılığıyla yapmak zorundadır.
Şirket merkezinin muhasebe kayıtları ile serbest bölgedeki şubenin faaliyetlerine ilişkin muhasebe kayıtlarının ayrı ayrı tutulması zorunludur. Serbest bölgede faaliyette bulunan firmalar serbest bölge ile ilgili kayıtlarına hiçbir şekil ve surette serbest bölge dışındaki faaliyetleri işleyemez.